สมเด็จพระพันปีหลวงมาร์กาเร็ตทรงได้รับการต้อนรับอย่างดีจากพระเจ้าเฮนรีและเพื่อยืนยันสถานะของพระนาง พระนางทรงได้รับการพำนักที่เกรตสกอตแลนด์ยาร์ด ซึ่งเป็นตำหนักโบราณของพระมหากษัตริย์สกอตในลอนดอน ในปีค.ศ. 1517 หลังจากทรงพำนักที่อังกฤษเป็นเวลาหนึ่งปี พระนางได้เสด็จกลับทางเหนือหลังจากมีสนธิสัญญาประนีประนอมที่ลงนามโดยดยุกแห่งออลบานี พระเจ้าเฮนรี และพระคาร์ดินัลด์โวลซีย์ ดยุกแห่งออลบานีไม่อยู่ที่สกอตแลนด์ชั่วคราว เขาได้เดินทางไปฝรั่งเศส ที่ซึ่งเขาได้ไปต่อสัญญาพันธมิตรเก่าแก่อีกครั้งและจัดการอภิเษกสมรสในอนาคตสำหรับพระเจ้าเจมส์ที่ 5 แห่งสกอตแลนด์ แต่สมเด็จพระพันปีหลวงทรงได้รับการต้อนรับที่ชายแดนโดยซิเออร์ เดอ ลา บาสตี ผู้แทนของเขา ตลอดจนพระสวามีของพระนาง สนธิสัญญาสันติภาพอาจจะแตกหักลงแต่ก็เป็นเรื่องที่แน่ชัดแล้วว่า พระนางมาร์กาเร็ตไม่ทรงเชื่อพระทัยและการเข้าถึงพระโอรสก็ยังถูกจำกัดอย่างเคร่งครัด

แม้ว่าพระนางมาร์กาเร็ตและแองกัสจะทรงคืนดีกันชั่วคราว ไม่นานนักความสัมพันธ์ของทั้งคู่ได้เลวร้ายลง พระนางทรงรู้ว่าขณะที่พระนางทรงประทับอยู่ที่อังกฤษ พระสวามีของพระนางได้ใช้ชีวิตอยู่กับเลดีเจน สจวต อดีตคนรักของเขา ที่เลวร้ายกว่านั้นคือเขาอยู่ได้ด้วยพระราชทรัพย์ของพระชายา ในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1518 พระนางทรงเขียนจดหมายถึงพระอนุชา กล่าวเป็นนัยถึงการหย่าร้างว่า

"พี่ไม่สบายใจมากในปัญหากับลอร์ดแองกัส นับตั้งแต่ที่พี่กลับมาสกอตแลนด์ครั้งล่าสุดและทุกๆวัน ปัญหาก็มากขึ้น มากขึ้น เราไม่ได้อยู่ด้วยกันมาครึ่งปีแล้ว... พี่ยังคิดว่า พี่ยังคงต้องอยู่กับเขาภายใต้กฏของพระเจ้าและด้วยเกียรติของตัวพี่เอง แม้ว่าพี่คิดว่า เขายังรักพี่จริงหรือ เหมือนที่เขาพยายามแสดงต่อพี่ทุกวัน"

นี่เป็นปัญหาที่ยุ่งยากสำหรับพระเจ้าเฮนรี ซึ่งทรงมีแนวคิดอนุรักษนิยมและยึดมั่นในจารีตดั้งเดิม พระองค์ไม่เห็นด้วยที่จะให้มีการหย่าโดยทรงยึดตามหลักการ ซึ่งถือเป็นเรื่องน่าขบขันอย่างมาก เมื่อพิจารณาถึงชีวิตสมรสของพระองค์ในภายหลัง ในเรื่องความสำคัญ แองกัสถือเป็นพันธมิตรที่มีประโยชน์และมีประสิทธิภาพในการโต้กลับออลบบานีและฝ่ายที่นิยมฝรั่งเศส พระนางมาร์กาเร็ตทรงพิโรธในทัศนคติของพระสวามี พระนางจึงทรงเข้าไปใกล้ชิดกับฝ่ายออลบานีและเข้าร่วมกับคนอื่นๆในการเรียกร้องให้ออลบานีกลับมาจากฝรั่งเศส ซึ่งดูเหมือนว่าออลบานีได้รีบร้อนที่จะกลับไปราชอาณาจักรทางเหนือที่ดื้อรั้นซึ่งพวกเขาพยายามเสนอให้พระนางมาร์กาเร็ตทรงดำรงเป็นผู้สำเร็จราชการด้วยพระองค์เอง ข้อพิพาทระหว่างพระสวามีและพระมเหสีนี้พร้อมที่จะก่อให้เกิดการครอบงำการเมืองของสกอตแลนด์ไปอีกสามปีข้างหน้า ความซับซ้อนมากขึ้นจากความบาดหมางที่รุนแรงระหว่างแองกัสและเจมส์ แฮมิลตัน เอิร์ลที่ 1 แห่งอาร์รัน ด้วยความสับสนนี้ทำให้พระนางมาร์กาเร็ตต้องทรงเลือกเข้าข้างฝ่ายใดฝ่ายหนึ่ง

ในที่สุดออลบานีก็กลับมาถึงสกอตแลนด์ในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1521 และได้รับการต้อนรับอย่างอบอุ่นจากสมเด็จพระพันปีหลวงมาร์กาเร็ต และมีเสียงเล่าลือว่าความสัมพันธ์ที่เกิดขึ้นนี้เป็นมากกว่าเรื่องการเมือง แองกัสต้องลี้ภัยในขณะที่ผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ร่วมกับสมเด็จพระพันปีหลวงอย่างเต็มที่ ได้รื้อฟื้นกฏระเบียบขึ้นมาในประเทศที่แตกแยกในช่วงสามปีแห่งความวุ่นวายและความขัดแย้ง ดยุกแห่งออลบานีเป็นประโยชน์สำหรับพระนางมาร์กาเร็ต เนื่องจากเขามีอิทธิพลในกรุงโรม ซึ่งจะช่วยให้พระนางสามารถหย่าร้างได้ แองกัสและพันธมิตรของเขาได้แพร่ข่าวลือว่าทั้งสองเป็นคู่รักกันซึ่งได้ผลมากแม้กระทั่งคนที่มีความคิดโลเลอย่างลอร์ดดาเครได้เขียนจดหมายถึงโวลซีย์ โดยคาดการณ์ว่าพระเจ้าเจมส์อาจจะถูกปลงพระชนม์และออลบานีจะขึ้นเป็นกษัตริย์และเสกสมรสกับพระนางมาร์กาเร็ต แต่ความสัมพันธ์ของทั้งสองไม่เคยเป็นไปมากกว่าการคำนึงถึงผลประโยชน์ของตน ซึ่งเหตุการณ์ต่อมาก็ได้พิสูจน์ให้เห็น